1．酶标记

在蛋白质芯片中常用的标记酶有辣根过氧化物酶(horseradish peroxidase，HRP)、碱性磷酸酶(alkaline phosphatase，AP)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(glueose 6-phosphate-dehydrogenase，G6PD)、β-D-半乳糖苷酶(fi_galactosidase，β-Gal)等。其中HRP由于比活性高、价廉易得、获得方便等优点，在蛋白质芯片检测酶标记中最为常用。酶标记抗原(抗体)的方法主要有两种，一种是直接法，另一种是交联法。直接法是用过碘酸钠使酶分子表面的多糖羟基氧化成醛基，醛基可以和抗体(抗原)中的游离氨基反应形成Schiff碱，然后用硼酸化钠终止反应，从而实现酶与蛋白质分子(抗原或者抗体)的结合。这种方法仅适用于含糖基酶标记物的制备，其他酶不适用。交联法是通过双功能交联剂将待标记的酶与蛋白质分子(抗原或者抗体)连接在一起。根据交联剂上反应基团类型是否相同，可将交联剂分为两种：一类是同源双功能交联剂，如戊二醛、苯二马来酰胺，另一类是异源双功能交联剂，如羟琥珀酰亚胺酯。目前还有很多商品化的试剂可以购买得到。

2．荧光物标记

荧光免疫分析中常用的荧光物质有异硫氰酸荧光素、丹磺酰氯、若丹明B-异硫氰酯、Cy3、Cy5等。普通的荧光标记有许多不足之处，如荧光基团的荧光寿命较短，检测时本底荧光信号的干扰大，检测时不能将发射光中散射的激发光有效地去掉，而时间分辨荧光免疫分析(time-resolved fluoro-immunoassay，TRFI-A)技术以镧系元素为标记物，利用波长和时间两种单位分辨，有效地克服了普通荧光标记的诸多不足，大大提高了检测分析的灵敏度。目前，在蛋白质芯片的检测中常用的荧光标记物是Cy3及Cy5两种物质。而且这两种物质在一般的试剂公司都能购买。

3．化学发光物质标记

常用的化学发光物有吖啶酯或吖啶磺酰胺盐，吖啶酯或吖啶磺酰胺盐可共价结合于蛋白质分子(抗原或者抗体)上，标记好的蛋白质分子(抗原或者抗体)与对应物结合后，用启动发光试剂(NaOH+H2O2)与吖啶酯或吖啶磺酰胺盐作用从而产生可检测的光信号。